В рамках жеребьевки победители групп были сведены с командами, занявшими третьи места, тогда как клубы, финишировавшие в своих квинтетах вторыми, померяются силами с командами, которые остались третьими на групповом этапе Лиги чемпионов. Победители групп и команды, занявшие вторые места, ответные матчи проведут дома. При этом представители одной ассоциации на данной стадии были разведены по разным парам. В результате жеребьёвки определились следующие пары:
 
1/16 финала
 
1. ПСЖ (Франция) - "Вольфсбург" (Германия)
2. "Копенгаген" (Дания) - "Манчестер Сити" (Англия)
3. "Неймеген" (Голландия) - "Гамбург" (Германия)
4. "Сампдория" (Италия) - "Металлист" (Украина)
5. "Брага" (Португалия) - "Стандард" (Бельгия)
6. "Астон Вилла" (Англия) - ЦСКА (Москва, Россия)
7. "Лех" (Польша) - "Удинезе" (Италия)
8. "Олимпиакос" (Греция) - "Сент-Этьен" (Франция)
9. "Фиорентина" (Италия) - "Аякс" (Голландия) 
10. "Ольборг" (Дания) - "Депортиво" (Испания)
11. "Вердер" (Германия) - "Милан" (Италия)
12. "Бордо" (Франция) - "Галатасарай" (Турция)
13. "Динамо" (Киев, Украина) - "Валенсия" (Испания)
14. "Зенит" (Россия) - "Штутгарт" (Германия)
15. "Олимпик" (Марсель, Франция) - "Твенте" (Голландия)
16. "Шахтер" (Украина) - "Тоттенхэм" (Англия)

1/8 финала

 Победитель пары 11 - Победитель пары 8Победитель пары 6 - Победитель пары 16Победитель пары 7 - Победитель пары 14Победитель пары 1 - Победитель пары 5Победитель пары 13 - Победитель пары 4Победитель пары 2 - Победитель пары 10Победитель пары 15 - Победитель пары 9Победитель пары 3 - Победитель пары 12
 
Первые матчи 1/16 финала состоятся 18 и 19 февраля, а ответные поединки будут сыграны 26 февраля 2009 года. Первые матчи 1/8 финала состоятся 12 марта, а ответные встречи пройдут 18 и 19 марта 2009 года
Финал турнира этого года пройдет в Стамбуле 20 мая 2009 года.